そのうち勝手に出ていきませんか？

あなたの家がねぐらとして優れていて、更に周りの環境が良い（水場が近い・エサが取れる場所が近い）から住み着いているので、勝手にでていくことは期待できません。

時間が経つと子供を産んで増えていきます。私の経験では、最高で100匹くらいの群れになっていたお宅もありました。五年間放置していたお宅は、屋根裏一面がコウモリのフンでした。。 早めの駆除をおすすめします。

寒くなってきたら物音もしなくなったので駆除しなくても大丈夫ですか？

コウモリは冬は冬眠をするので、物音がしないということから、いなくなったと決めることはできません。春先（3月すぎ）になったら活動をはじめるので、その時にまたご検討されたらいかがでしょうか？

消毒はした方がいいの？

お客様次第ですが、基本的には私はオススメしています。コウモリの害はフンの害が多いので、雑菌の繁殖などがイヤな方は消毒をオススメしています。

コウモリ以外の鳥は対応できますか？

はい、対応可能です。
正式名称で申し上げますと、ドバト、キジバト、ムクドリ、ハシボソガラス、ハシブトガラスなど、様々な鳥類の対策が可能です。